而谢里夫指示机场人员不要让穆沙拉夫专机降落，就在飞机还剩下7分钟燃料危险情况下，穆沙拉夫的飞机强行降落成功，他随机发动政变，推翻了谢里夫，他自任国家首席执行官兼陆军总参谋长，不久流放谢里夫。2002年，穆沙拉夫当选巴基斯坦总统，正式开启他在巴基斯坦的执政。
但在穆沙拉夫其后的执政中，由于他是总统兼军队最高领导人，引起了反对派的不满，认为穆沙拉夫违反宪法。宪法规定国家元首不应与军队统帅合二为一。2008年1月，穆沙拉夫再次连任成功，为了平息国内的不满，他辞去了军队职务。但辞去军队职务后，穆沙拉夫就遭受了挫折，反对派对他们进行弹劾，2008年8月，穆沙拉夫不得不辞去总统职务。
穆沙拉夫下台后，随即去了英国。但不久就遭受国内的逮捕令。2013年，流亡英国五年的穆沙拉夫被国内法院法官的忽悠下，乘坐专机再次回国想参选，但这次回国后，穆沙拉夫既由于遭到逮捕的指控，虽然穆沙拉夫进行反驳，并保释出狱，不得不去阿联酋看病，从此便不知音信。
