然而可惜的是忻都并没有背水一战的豪气，他认为“小敌之坚，大敌之擒。策疲兵入境，非完计也，不若班师。”于是选择了全军撤回船上准备班师。然而事情就是那么巧，就在元军回船当夜，博多湾兴起暴风骤雨，元军猝不及防，再加不熟悉博多湾的地形，导致无数船只触礁沉没，最后元军得以回国者仅出征时的半数，约1万3千5百人葬身日本，而其中大部分就是死于这场风暴。第二天在大宰府水城严阵以待的日军发现元军久久不来进攻，派人前去博多湾侦察方知元军遭遇风暴已经撤退。这对于日本来说简直太神奇了，认为“逆风之事盖蒙神佑”，上至幕府下至百姓无不认为这是天佑的结果，于是乎全国范围都开始了大规模的祈神活动，以谢神佑。而击退了元军的风暴，则被日本奉为“神风”。
被风暴袭击的元军舰队绘图
然而元日之间的恩仇还没算完，“神风”的故事还要继续。话说这忻都也是个圆滑之人，虽然兵败，但是他摸准了忽必烈本无灭日之心，只想震慑一下日本，所以回国以后掩饰了遭遇风暴而损失惨重的事实并以“入其国败之”上报，忽必烈也就信以为真，犒赏了出征将士，还兴高采烈地认为知道了厉害的日本应该会立刻与元朝通好，于是又向日本派出了使臣。不得不说北条时宗也是个人物，不知是觉得日本有了神明加护还是觉得自己能行，对这次前来的元朝使节杜世忠等30余人，是直接话也不说就全部押到镰仓龙口斩了。不过由于灭口灭的很彻底，所以元朝使节被杀一事并没有第一时间传回元朝，而且恰逢元朝正在征战南宋，所以日本倒是过了几年的太平日子。一直到1279年南宋灭亡，忽必烈才想起还有这么一支使团杳无音信。总之在又经历了一番波折过后，忽必烈知道了这支使团已经在日本遇害，并且也确定了日本绝无通好之心。这一次元世祖可不再会像上次那样只以恐吓为目的了，而是下了征服日本的决心。
北条时宗绘图
这一次忽必烈分兵两路，一路是由范文虎率领的包括3500艘战船共计10万余人的江南军，该路军将从江浙行省沿水路出发。另一路军则是由忻都、洪茶丘以及金方庆率领的包括战船900艘共计4万余人的东路军，该路军将取到高丽进军日本，两军分别于1281年择日出征。
