因孙立人态度不明，美国转而扶持吴国桢，强迫蒋介石让吴成为台湾省主席。此时台湾情况不妙，岛内挤满残兵败将，士气低落。台湾经济濒于崩溃，几乎连军饷都发不出，被迫动用了运来的黄金储备，也只能坚持几个月而已。与此同时，解放军在福建大量部署部队，准备进行登陆战。美国第7太平洋舰队，已经离开台湾海峡，压迫蒋介石交权。孙立人认为如果美国的援助，台湾会在1950年底失守，自己恐怕也会死无葬身之地。由此，孙立人开始转变了立场，决定接受美国建议亲自掌控台湾。
1950年2月，美国国务院制定了《台湾政变草案》，直接指出由孙立人为政变指挥官，推翻蒋介石后将他软禁或者赶到国外。6月，美国国务院准备派国务顾问杜勒斯去逼宫，要求蒋介石下野，美国海军接管台湾。6月，国务院制定更加详细计划，包括一系列具体措施，再次指出必须联络孙立人，表示美国愿意提供一些必要援助支持他政变。自然，蒋介石也不是草包，他早就得到风声。蒋介石应对的策略是，安排蒋经国利用政工制度控制军队，从孙立人手中夺权。孙立人极度不满和惊惧，几个月内和蒋经国多次发生冲突。到了1950年6月，孙立人开始催促美国人动手，搞掉蒋介石。
美国总统杜鲁门的朋友尼克斯赚来了孙立人的一份密信，要求杜鲁门按照计划“尽快才去行动”“时间对我们不利，情况严峻，但仍然没有绝望”。同月，主力国务卿鲁斯克也受到孙立人的迷信，表示愿意领兵搞掉蒋介石，希望美国给予支持至少是不反对。可以看出孙立人对此很是急迫，向美国表明自己会废除蒋介石很多政策，按照美国的立场去做。鲁斯克看完以后，赶快将密信销毁，随后将内容转告国务亲艾奇逊。
就在美国和孙立人跃跃欲试，老蒋就要被软禁的之前，突然6月朝鲜战争爆发，随后中国参战。据说得知朝鲜战争爆发，抱着必死决心的蒋介石兴奋的高喊：这是圣父圣灵在保佑我！老蒋说的没错，从此东亚的形势发生根本性变化。朝鲜战争给了美国总统杜鲁门一个响亮的耳光，也表明他对于中国10年的战略政策完全失败。中共和美国公开为敌，那么此时杜鲁门只能借助蒋介石，以实现战略平衡了。这个节骨眼上，如果美国支持孙立人兵变，就可能会导致台湾内乱，进而被中共借机攻占。
