黑水营之战的胜利，令叛军士气大挫，丧失了和清军正面对抗的信心，叛逃归清的人越来越多。在黑水营之战后，清军节节胜利，连续攻克叶尔羌、和阗、喀什噶尔等重镇，大小和卓木一蹶不振，一路西逃，最终客死他乡。清军经过一年的艰苦战斗，终于在乾隆二十四年（1759年）彻底平定大小和卓木叛乱。至此，天山南北的广大区域全部归入了中国的版图，中国通过此战收复了昔日的西域领土，乾隆帝为这片辽阔的土地命名为“新疆”，直到今天。
（平定回部之后的清朝版图达到鼎盛局面，面积超过1300万平方公里！）（位于北京市前井胡同的兆惠府，现在已经成了一个破旧的大杂院，但门棂上的精美雕花依然向世人宣示着这所府邸曾经的辉煌。）
可以说，在这场历史性的战争中，兆惠和他所指挥的黑水营之战起了极其的关键的作用。如果不是兆惠临危不乱，指挥有方，清军就很难在五倍于己的叛军围攻之下坚持三个月，而如果黑水营的清军被歼灭，那么叛军气焰将更加嚣张，清廷的平叛行动也将变得更加困难。正因为如此，兆惠和他指挥的黑水营之战才值得在历史上大书一笔！历史必将铭记这位为中国收复新疆立下不朽功勋的名将！
