但是，苏加诺主政以来，本人优游宴乐、挥霍无度，国家经济却很不景气，人民生活非常贫困。不久，有人公开批评他不善治国，不关心国家政治，不关心国家的复兴和发展。为了消除异己，1956年苏加诺解散国会，实行个人独裁统治，导致国家连续发生危机。此后，印尼各地时有叛乱发生，通货膨胀严重，生活费用指数连年攀升。同时外交上也很孤立，1963年与美国关系恶化，以后又与苏联闹翻，因与马来西亚的纠纷，印尼宣布退出联合国。
在美英西方国家支持下，陆军数十名军官密谋发动政变，意图推翻苏加诺的统治。苏加诺卫队长获知消息后，在苏加诺支持下先发制人，1965年9月30日，绑架并杀害了陆军几名叛军首领。苏加诺以为平息了叛乱，但事发不久，陆军将领苏哈托全面“反击”，处死了苏加诺卫队长，用暴力手段夺取了国家政权。随后，苏哈托对印尼异己人士全面清剿，据不完全统计，不到一年的时间里，大约有50万人被捕，25万多人被杀。
在清除异己力量的过程中，苏哈托逐步架空苏加诺的总统权力。1967年3月，苏加诺被正式赶下台，并被软禁起来。苏哈托成为印尼第二任总统，从此开始了对印尼长达30多年的铁腕统治。失去权力的苏加诺，整日生活在抑郁愤懑之中，身体状况严重恶化。苏加诺生性风流，晚年最宠爱日本妻子黛薇，为她建造了富丽堂皇的宫殿。在他幽禁期间，黛薇竟然弃他而去，对他打击很大。1970年6月21日，苏加诺在医院病逝，享年69岁。
