执政后，德克勒克顶住权力诱惑、党派压力与“叛徒”骂名，不顾右翼集团强烈反对，释放了入狱27年的曼德拉。1991年，德克勒克宣布废除所有种族隔离法律，并同曼德拉进行会晤，最终达成协议，拟定举行多种族议会大选。在从种族主义制度向新社会艰难迈进中，南非避免了大规模流血冲突，基本实现了和平过渡。在这个过程中，德克勒克与曼德拉功不可没，1993年两人共同荣获了诺贝尔和平奖。
1994年4月，南非举行大选，曼德拉领导的“非国大”获胜，出任首任黑人总统。大选失败时，德克勒克信誓旦旦地说，他五年后还会竞选南非总统的，但是在黑人占80%的国度，白人几乎不可能通过选举再次获得权力。黑人上台后，并没有给白人同等机会，而是施行专门歧视白人的新种族歧视政策。1997年，由于遭到党内人士不满，德克勒克被迫辞去党魁一职并从此退出政坛。很快，他几乎被南非人遗忘，他的名字成为一个生疏名字。
2013年12月，曼德拉去世时，在南非隆重悼念曼德拉时，有人这样呼吁：“我们纪念曼德拉，但是请不要忘记德克勒克，曼德拉常有，德克勒克不常有……他贵为总统，为维护白人的统治和自己的政权，完全可以凭借强大的军队和警察镇压和屠杀黑人的犯上作乱，但是他选择了‘ 不 ’，他是个不应该被遗忘的英雄！……一个只记得曼德拉，而遗忘德克勒克的民族，似乎还没有成年！”
