经过6年筹备工作，2011年1月，南苏丹地区举行了全民公投，决定实行自治还是独立，最终结果是压倒性多数同意独立。然而建国之后，南苏丹政权面临很多严峻的问题，在这个百分之九十以上人口目不识丁的国家，无论是高级官员还是普通民众“都还不知道如何治理一个国家”。此外南苏丹部族众多，复杂的部族情况也反映在军队之中，导致中央政府对于军队的控制能力不足。
2013年7月，总统萨尔瓦解除了政治对手副总统马沙尔的职务。总统萨尔瓦来自最大部族丁卡族，而副总统马沙尔则来自第二大部族努埃尔族。马沙尔被解除职务，导致两大部族分歧与矛盾陡然加剧，并最终演变成大规模武装冲突。自从美国达到分裂苏丹目的后，加上南苏丹战略地位和石油资源重要性的下降，美国对南苏丹内乱基本持“不闻不问”的态度，被国际评论家批为“始乱终弃”。
战争的代价是惨痛的，动乱的局势给南苏丹的民众带来了巨大的灾难。自从内战爆发以来，南苏丹已经有数万人丧生，大约250万人逃离家园，其中160万人在国内四处逃命。在经历了多次无果谈判之后，冲突双方曾一度组建了临时政府，马沙尔重新担任副总统，但2016年7月再次被解除职务，引发很多人对南苏丹局势的担忧，“只要有一点火花碰撞，就会燃起熊熊大火。”
