同时日本还接连与菲律宾签署了两个重要协议，为双方强化防务合作奠定基础。其中《互惠准入协定》于2025年9月11日正式生效，是双方军事合作的基石。它极大地简化了日本自卫队与菲律宾军队在对方领土上进行联合演习、训练和灾害救援时的部署程序，允许更大规模的部队和装备进入对方国家。2026年1月15日签署的《物资劳务相互提供协定》进一步允许日菲双方在进行联合训练或救灾时，可以相互提供弹药、燃料、食品等物资。
此外，日本还为菲律宾提供了大量武器装备，并借机突破日本武器出口限制。日本提供的海岸监视雷达系统于2026年3月运抵菲律宾并正式交付。这批雷达将部署在面向南海的吕宋岛北部等关键区域，旨在加强菲律宾对周边海域的态势感知能力。日本还向菲律宾海岸警卫队提供多艘巡逻舰，成为菲律宾在南海向中国挑衅的主要装备。目前菲律宾海军正在考虑引进日本退役的"阿武隈"级护卫舰。如果该协议得以落实，意味着日本进一步松绑对致命性武器出口的限制。
针对菲律宾在南海问题上引进域外势力和非当事方的种种做法，中国国防部发言人此前多次表示，反对在南海炫耀武力、挑衅滋事，反对搞拉帮结派、阵营对抗。中国军队密切关注相关动向，将采取有力有效措施予以坚决应对，决不允许其搞乱南海。
