黄英贤提到的南海、"海上边界"等措辞似乎意有所指，但并未点名指控任何国家。澳大利亚本地媒体称，澳总理阿尔巴尼斯谨慎地回避了涉华问题。3月4日，阿尔巴尼斯对到访的马来西亚总理安瓦尔强调，峰会重点是促进就业和经济安全。澳副总理兼国防部长马尔斯则称，峰会内容涉及中国是因为"中国是全球格局的一部分"，而非"会议本身有关中国"。
然而，阿尔巴尼斯仍在峰会上提到了南海问题。据央视新闻报道，3月5日，中国驻菲律宾大使馆就当日菲方船只非法侵闯仁爱礁向菲外交部提出严正交涉，表达强烈抗议。阿尔巴尼斯在向东南亚国家领导人发表演讲时也提到了这一事件，将此事描绘为了"不安全和破坏稳定的行为"，为"产生误判的风险进而导致事态升级"感到担忧。
周士新对澎湃新闻分析说，此次峰会最值得关注的动向是菲律宾利用此次峰会挑衅，然而，澳大利亚和菲律宾炒作南海议题的议程并未取得成功。"此次峰会后发表的《墨尔本宣言》依然秉持着东盟中立和中性、平衡与均衡的外交政策，强调澳大利亚与东盟合作应有利于双方共同利益和地区合作。"
菲律宾总统小马科斯多次以"捍卫主权"的论调来抬高自身声量，但这并未成为东南亚国家的共识。黄英贤接受本国媒体采访时也承认，东盟国家领导人在涉华问题上存在不同看法。
举例而言，马来西亚总理安瓦尔在峰会上强调，中国是马来西亚最大投资国，马来西亚与"中国没有问题"。"我们是一个独立国家，完全独立，我们不想听命于任何大国，"安瓦尔在峰会上说，"所以，一方面，我们仍是美国、欧洲以及澳大利亚的一个重要朋友，与此同时，他们不应阻止我们对我们最重要的邻国之一--中国保持友好。如果他们与中国有问题，那不应当施加在我们身上。我们与中国没问题。"
在《墨尔本宣言》等有关文件中，东盟国家和澳大利亚并未提到所谓的"2016年南海仲裁案裁决结果"，也未点名中国。《墨尔本宣言》只提到，呼吁根据国际法，通过法律和外交程序和平解决南海争端，"不诉诸武力威胁或使用武力"。
中国外交部6日举行例行记者会时，有记者就东盟和澳大利亚特别峰会联合声明有关内容进行提问。外交部发言人毛宁表示，当前南海局势总体是稳定的。中方在南海问题上的立场是一贯也是非常明确的。我们将继续致力于通过对话协商同有关当事国妥善管控分歧，同东盟国家全面有效落实《南海各方行为宣言》，积极推进"南海行为准则"磋商，共同维护南海和平稳定。
值得注意的是，新加坡总理李显龙在访问澳大利亚期间表示，在澳大利亚拥有核动力潜艇后，新加坡欢迎澳大利亚核潜艇的访问。根据"奥库斯"（AUKUS，即澳、英、美三边安全伙伴关系）安全协议，从2027年起，美国和英国将会有少量核潜艇部署在澳大利亚西部城市珀斯的海军基地，澳大利亚之后将在2030年代初购买3艘美国弗吉尼亚级潜艇，并可选择再购买2艘。
"奥库斯"因涉及核动力潜艇，曾引起印尼等东盟国家强烈不满和担忧。李显龙的最新表态在分析人士看来，显示出新加坡作为美国和澳大利亚"军事接入点"的角色，新加坡相比其他东盟国家对"奥库斯"持更加开放的立场。
与此同时，李显龙又表态说，东盟国家与中国在推进"南海行为准则"磋商有着共同立场。有分析人士担忧，新加坡允许澳大利亚核潜艇驻扎的表态可能会激化地区局势。
"新加坡的对外战略虽然谨慎和客观，但还是非常偏向美国的。新加坡与美国的合作，特别是战略安全合作更广泛、更深入，远远超过中新之间在这方面的合作水平。对此，中方也保持理解，并努力加强与新加坡的安全合作，提升双方的战略互信。"周士新说。
澳大利亚和东盟国家的分歧和妥协在其他内容上也有所体现。在《墨尔本宣言》中，有关国家呼吁在巴勒斯坦加沙地带实现"立即和持久的人道主义停火"，哈马斯劫持的人质也应该得到释放，谴责"针对所有平民和民用基础设施的袭击"。
随着穆斯林斋月即将到来，许多国家在努力推动巴以双方停火，这也是东盟国家和澳大利亚的共识。然而，东盟国家一方面有着坚定支持巴勒斯坦事业的马来西亚和印尼，另一方面也有像新加坡这样比较谨慎的国家。新加坡担忧，在宣言文本中加入"由以色列导致的加沙地带饥荒"等措辞会激怒以色列，所以拒绝了这一表述。
由于缅甸军方未能落实东盟有关缅甸冲突的"五点共识"，缅甸军方仍被排除在此次峰会之外。在宣言中，参与国家领导人"强烈谴责（缅甸）持续的暴力行为"，呼吁"有效的人道主义援助和包容性的全国对话"，重申了对东盟"五点共识"的支持。一直以来，印尼、马来西亚等国家对缅甸军方态度更为强硬，泰国、柬埔寨等国则更为温和，这一矛盾从2021年延续到了2024年的东盟与澳大利亚峰会上。
