然而，台陆务会则在2月15日发表声明辩称台海巡队在大陆渔船翻覆案中是"依法执行职务，过程并无不当"。由此可见，对于造成2人死亡的大陆渔船翻覆案，台当局的态度十分傲慢，不仅毫无悔意，未向遇难渔民和家属表示歉意，还倒打一耙，高举所谓的"越界"捕捞大旗，掩饰其粗暴且危险的行为。
对于这起事件，民众党主席柯文哲公开发声。他向台当局喊话称，保护渔民权益是职责，但要采用和平方式，对于造成的伤亡事件应表示哀悼。他还强调，对于"渔权"这个问题，两岸应坐下来谈一谈，以免类似事件再度发生。
除此之外邱毅连发六问，每一个问题都一针见血。他表示，台当局必须就此次事件给外界一个交代，对这些疑点作出详细说明。
近年来，大陆极力推动两岸融合，金门和厦门之间的交流往来也日益频繁。如今，由于台当局对大陆充满敌意，不惜在春节期间做出伤害两岸民众情感的举动，导致两岸关系陡然升级，国台办已经发声要求查明真相，如果台当局果真无辜，就应该尽快还外界一个真相。
