2002年回国后，他先后主持北京正负电子对撞机（BEPCII／BESIII）重大升级改造中的飞行时间读出电子学系统的研制和工程实施；担任暗物质粒子探测卫星（悟空号）的副总设计师，主持卫星科学载荷的总体设计与工程研制；带领科研团队参加兰州重离子加速器冷却储存环（CSR）、中国散裂中子源（CSNS）、高海拔宇宙线观测站（LHAASO）等多个大科学工程，为工程建设做出突出贡献。
安琪的科研成果获得多个奖项，包括2017年、2019年度安徽省科技进步奖一等奖（均排名第一）、2016年国家科技进步奖一等奖（团体）、2020年中国物理学会王淦昌物理奖等。并担任物理电子学安徽省重点实验室主任、中国核学会核电子与核探测技术分会副理事长、中国核学会安徽省分会副理事长、中国核学会核测试与分析分会理事等社会职务。
