中平六年(189年)，灵帝病重，遗诏将刘协托付给宦官上军校尉蹇硕。四月，灵帝去世，立刘辨为帝，是为少帝。何皇后也改称为何太后，临朝处理政务。但国家大权实际上已为何进掌握，从此，内宫宦官和朝中重臣展开了争权夺利的斗争。先是何进捕杀蹇硕，接着是宦官张让、段珪等杀死何进，司隶校尉袁绍、虎贲中郎将袁术和何进的部将带兵反攻，一下子又杀宦官两千人。张让、段珪等无力还击，劫持少帝和陈留王刘协逃去。尚书卢植率军追到后，杀死张让、段圭，又把少帝和刘协迎回宫内。董卓自认为和收养刘协的董太后同族，加让刘协本身比刘辨有才能，于是从这时起，董卓就想废少帝，另立刘协为皇帝。
回到京城后，董卓的军队完全控制了局势。于是董卓逼着少帝策免了司空刘弘，自己身居其位。接着，董卓又以司空的身份召集百官开会，议改立陈留王刘协为皇帝。百官们大惊失色，但慑于董卓的淫威，谁也不敢表示反对。第二天，董卓宣布废除少帝刘辨，立陈留王刘协为帝，是为献帝，时年9岁。从此，刘协开始了他作为傀儡皇帝的漫长生涯。
帝位坎坷
立献帝后，董卓自封为相国，后又加封为太师，完全控制了中央政权。董卓的军队在洛阳劫掠财物，奸淫妇女，无恶不作。次年即初平元年(公元190年)春天，各地的州郡牧守以讨伐董卓的名义纷纷起兵。由于起兵的州郡都在关东(潼关以东)，所以史称"关东军"。许多地方豪强响应了这次起兵，带着自己的私兵万里相赴，自此正式拉开了东汉末年军阀混战的序幕。关东军共推渤海太守袁绍为盟主，从北、东、西三面来包围洛阳。董卓因受关东军的威胁，挟持献帝由洛阳迁都长安。这时，王允任司徒，主持具体政务。他表面上依附董卓，暗中心向汉室，身边聚集了一批朝中官员。
初平二年(公元191年)，关东诸侯为了争夺政治上的领导权，以袁绍、韩馥为首，倡议立幽州牧刘虞为帝。但这个建议遭到袁术、曹操的反对，最后作罢。刘虞的儿子刘和在长安献帝处任侍中，献帝想凭借关东军的力量还都洛阳，以摆脱董卓的控制，就派刘和潜出武关求援。但这时关东州郡牧守正热衷于互相兼并以壮大自己的力量，扩张地盘，无意西讨董卓。长安方面就转而依靠内部的力量来推翻董卓。
初平三年(公元192年)，司徒王允与司隶校尉黄琬、仆射士孙瑞、中郎将吕布密谋刺杀董卓。吕布本为董卓的亲信，两人曾结过义父子关系。董卓性格暴烈，有一次吕布为一桩小事违背了董卓的意图，董卓拔出手戟就向吕布投去。吕布慌忙躲开，事后又向董卓俯身请罪，才算作罢，由此二人有了隔阂。董卓被刺死后，王允录尚书事，吕布晋升为奋威将军，二人共同主持朝政。王允得手后，骄傲自满，加上气量狭小，未能维持住关中的局势。不到一个月，192年6月1日，董卓部将李傕等人击败吕布，占领长安，杀死王允，控制了东汉政权。李傕升为车骑将军、开府、领司隶校尉、假节、池阳侯，后李傕又升为大司马，郭汜为后将军、美阳侯，樊稠为右将军、万年侯，张济被封为镇东将军、平阳侯，外出屯驻在弘农。
