台海巡部门立即派遣"花莲舰"前往该处，部署在日本公务船与"新海研1号"之间。"花莲舰"当日12时向日本公务船广播表明该水域为台湾地区"专属经济海域"，日方勿干扰台方船舶作业；然而日本公务船也主张是日本"专属经济海域"，未经同意不得进行科学研究。之后3艘船在海上对峙，"花莲舰"全程戒护，"新海研1号"未受干扰。直到当晚9时15分，"新海研1号"离开上述水域，日本公务船随即离开。此次事件曝光后，在岛内引发网友激烈讨论。有岛内网友表示，台湾研究船认输先退了，丢脸。
值得注意的是，台湾大学"新海研1号"研究船是台当局领导人蔡英文亲自主持命名暨下水典礼的。然而，上述事件发生后，民进党当局却没有向日方提出任何抗议。
事实上，在处理与日本等国的海上纠纷时，民进党当局一贯很怂。比如，日本曾多次扣押台湾渔民渔船，民进党当局却噤若寒蝉。此外，日本将冲之鸟礁称之为"岛"，强行划出所谓200海里专属经济区，禁止包括台湾等其他地区的渔船入内作业，民进党当局随即要求台湾渔民不要到冲之鸟礁海域捕鱼。
