或许朱棣的心中依旧有些许的愧疚，因此，在他篡位成功的第二年，便下令建立大报恩寺，又在永乐十年之时，建立了大报恩寺塔，美名曰对朱元璋和马皇后"报恩"，但是事实上却是向此二人的愧疚，他知道自己靠着武力，不顾朱元璋的遗诏将亲人从皇位上赶下来，这样的行为，注定是不能为他们二人接受的。朱棣害怕自己死后，倘若遇到了朱元璋的话，会无颜面对他们，于是在南京建造了大报恩寺。
此外，对于世人而言，佛是圣洁的，是普度众生的，潜心向佛的话，也是可以为人们洗去一身的罪孽的，因此朱棣借着建立大慈恩寺来消弭自己心中因为杀伐过重而产生的罪恶感。
在《金陵待》征录中，有着这样的记载："寺名报恩，报何恩欤?昔人诗云：'九级浮屠篡逆灯。'噫!难逃一字也。"也就是说，在很早之前，便有人认为朱棣建立大报恩寺有着不一样的目的，而其中的一个"篡"字，也能展现出当时人们对于朱棣篡位举动的轻视。
而陈也有更是写下了一首《登报恩寺浮屠》，"靖难师来孰闭门，孝陵云树黯消魂。忠臣已尽神孙死，却建浮屠说报恩"，这也充分说明了朱棣建立报恩寺的原因。
