乌控制盆地河谷地势低洼处，吉掌管河口上游，塔拥有河谷入口处及基础设施。三国边境由此犬牙交错，形成你中有我、我中有你的复杂局面。（大家可以看地图，相互制衡吧） 例如，位于盆地内的吉国奥什州就有属于乌兹别克斯坦的 4 块小飞地和属于塔吉克斯坦的两块小飞地。许多村庄成为跨界村，民族众多，风俗不同，一个家族跨界而居的现象比比皆是，族际矛盾时有发生。 费尔干纳由此成为 " 地缘政治的大杂烩 "。 莫斯科国际关系学院教授谢尔盖 · 卢贾宁就说：" 塔吉克斯坦-乌兹别克斯坦-吉尔吉斯斯坦三国矛盾不断。其原因是边境问题、水源和能源利用问题没能解决，彼此还有领土要求，存在着民族纠纷，冲突的发源地向来都在费尔干纳盆地。"
大家可以仔细看地图，三国领土真的是犬牙交错，吉尔吉斯斯坦在塔吉克北面，但有些领土，塔吉克斯坦又在吉的北面；乌兹别克斯坦是塔吉克斯坦和吉尔吉斯斯坦西部邻国不假，但乌的部分领土，却在这两个斯坦国东面。 这样的边境线，这种分而治之的办法，说实话，也就苏联能搞得出来。 但留下的，真的是重大的隐患。 可以说，这个地方，就是中亚的火药桶；尤其是苏联解体后，矛盾更充分暴露，时不时演变成国与国的激战。
