此前，他在节目中提出的想法被误解为"冷核聚变"，对此，刘本良澄清道，这实际上是属于量子运动输出的能量。
"赴美工作、年薪1.2亿美元"谣言传开后，不少网友对刘本良的选择表达了惋惜之情，认为他是"被埋没的人才"。对此，刘本良表示不敢苟同，"中国已经足够我发挥能力了"。他表示："人才是不可能被埋没的，只是他现在还需要空气和水分、扎根生长。给我一段时间，我会证明我是不是人才。"
对于外界对其所选择的工作方式的不理解，刘本良表示，科学研究的生态需要丰富，需要有各种各样的物种，也需要有一些"变异的分子"，跳出局部最优，实现更好的科研效果。这是刘本良对自己的"辩解"，也是对丰富科研生态的建议。"（要）允许这些变异分子存在，让他们安安静静地搞研究，发挥他们的优势和特长。"
