在云南执政期间，沐英对农业大兴水利，教育上传授推广儒学，为了缓和民族矛盾，对少数民族实行招抚政策，经过沐英的努力，使这个脱离中国版图600多年的云南地区，又重新融入了中国的怀抱。对于沐英的政绩，朱元璋也是满意的多次进行嘉奖，对沐英也更加信任了。
洪武二十五年（1393）六月，太子朱标不幸去世，祸不单行，还没等朱元璋从丧子之痛中恢复，另一个打击又接踵而至。沐英悲痛于朱标的早逝，每天痛哭不止，最后不幸染病，很快就去世了，年仅48岁。朱元璋悲痛万分，将沐英追封为黔宁王。此后，沐英的子孙世代镇守云南长达两百多年，直到明朝灭亡。最后一代黔国公沐天波，甚至为保护南明永历帝献出了生命。
