不过崇祯皇帝始终不愿意放权，他的一些错误命令直接导致了松锦之战的大败，而洪承畴眼见大明无望，索性直接降清。孤军奋战的祖大寿孤立无援，被围困了整整一年。
锦州城中再度出现了人吃人的惨状，祖大寿就算再忠诚，也敌不过饥饿，于是再度降清被授予正黄旗总兵。
此时的山海关之外，明军只剩下了宁远一座城池，统率关宁铁骑的将领，也成了祖大寿的外甥，即前半生反明后半生反清的吴三桂。不过此人在前期对明朝倒也算忠诚，死死的守着那座孤城，尽管祖大寿多次写信劝降，吴三桂也绝不投敌。
不过明军兵败如山倒，还没等到清军破山海关，崇祯皇帝就在北京煤山自缢而亡。本来吴三桂打算投靠李自成，继续与清军为敌。奈何大顺军纪律松散，不停的欺辱吴三桂在北京的家人，还玷污了陈圆圆。
