首先刘裕代晋时，司马宗室仍有力量存在，晋朝经过八王之乱由西晋而东晋，而刘宋取代东晋时，在北方尚有未南渡的司马氏存在，无论如何这些力量在客观上都可能成为晋恭帝借助的力量或者以晋恭帝的名义"借尸还魂"，就像把饮水机搬走就不会出现"饮水机"效益一样，除去晋恭帝则再形成司马氏的复辟力量就要困难的多。这是对晋帝本人直接消灭的原因。
刘裕不仅作战勇猛、治军严明，而且很有谋略，善于以少胜多，逐渐成长为东晋的大将，并在一系列的战争中，消灭了东晋权臣桓玄一族，成为东晋都督扬州、徐州、兖州、豫州、青州、冀州、幽州、并州等八州军政大权的将领，实际上东晋的政权就掌握在刘裕的手中了。
虽说司马德文小心翼翼度日，但刘裕依旧深感不安，听说司马德文的皇后生了儿子，立马派人将其杀害。在杀了他儿子没多久后，为免除后患他还是决定杀了司马德文，而在这其中出了一个小变故，那就是刘裕派去毒杀司马德文的一个臣子叫做张伟的，因不忍心谋害旧主选择自己喝毒酒自尽。这就彻底激怒了刘裕，刘裕认为肯定有不少人心中仍有旧主，于是命自己亲兵翻墙去毒杀司马德文。司马德文拒绝自杀，认为自杀不能投胎为人，于是亲兵将其挟上床，用被子蒙住他脸，将其扼死，东晋最后一位皇帝就这样被杀了。在此之后，刘裕觉得皇帝都杀了，干脆一不做二不休，将司马皇室全部杀害。
