然而，就是这么一座有着"天下第一宫"盛誉的阿房宫，在秦朝末年也逃不过跟秦朝其它宫殿一样的命运，项羽攻入咸阳后，一把火把阿房宫烧得渣都不剩，据说大火烧了还三个月都没熄灭，真是"楚人一炬，可怜焦土"。人们在惋惜之余，未免把怒火或罪责归因于项羽身上。但是，据考古发现，项羽可能被冤枉了上千年。
通过对残存建筑的考古分析，学者发现阿房宫并没有被大面积烧毁的痕迹，因为遗址范围内只发现了少量的几块红烧土。如果项羽真的火烧阿房宫三个月，那么红烧土应该到处都是，还应该有大量的草木灰出现。然而，遗址范围并没有发现。
另一个证据是，在秦朝咸阳宫的遗址中却发现了大片的红烧土遗迹。根据《史记》中记载的"烧秦宫室"，专家果断推断项羽放火烧的应是咸阳宫，并非阿房宫。
