首先捻军的起源相对来说非常复杂，最初的主体其实也就是江湖帮会这种历史角色，而"捻"的字面意思就是捻绳，而这股民间势力从最初的开始，就是多重势力像捻绳一样杂糅起来所产生的民间组织。
地域独立势力的壮大其实是清王朝对地方民间力量彻底失控的一种表示，最终这些淮北的农民组织终于成为了敢于对抗清政府的军事力量。1852年已经初有规模的捻军头目张乐行等人聚众起兵，1855年，张乐行、苏天福等人为首的捻军集团将队伍分为五旗，张乐行成为捻军盟主首领，各方开始进行分工合作，成为了一支虽然内部权力分散但又进行协同的统一军队，而这个时候捻军已经扩张到了十万余人的规模。
此后捻军又于遭遇清军打击，开始进入防御状态，虽然队伍显得较为分散化，出现大量盘踞山林并以捻军为旗号的农民军，而张乐行等捻军主要头目开始与同时期的太平天国进行结盟。结果在这个时候，捻军的军事活动主要有两个方面：一部分捻军依靠山寨进行防守消耗清军力量，而另一部分以张乐行为首的捻军则采取游击作战与太平天国配合。捻军之患成为了清军在淮北地区的严重问题。
