不过准噶尔汗国却依然没有消停，在雍正皇帝继位后的没多长时间，准噶尔汗国策妄阿拉布坦又支持了在青海蒙古贵族的首领罗卜藏丹津发动叛乱，在到靠消息后，雍正皇帝派大将军年羹尧和副将岳钟琪前往青海平定此次的叛乱，大将军年羹尧和副将岳钟琪和都是征战沙场多年的老将，对付一个罗卜藏丹津也还是较为容易的，没过多久就平定了此次的罗卜藏丹津叛乱。
雍正皇帝在平定罗卜藏丹津叛乱的之后，开始主张与准噶尔汗国的大汗策妄阿拉布坦议和，雍正皇帝主张议和，是因为当时因为多年的战争，对于国家的财政方面消耗很大，如果一直这样持续下去，不利于国家的发展，因此主张议和，令人意外的是准噶尔汗国的大汗策妄阿拉布坦同意了雍正皇帝的议和，双方还互相划分了边界，另外还互通贸易，使得清朝和准噶尔汗国有了难得和平的局面。
这样和平的局面，并没有持续几年，后来因为准噶尔汗国的大汗策妄阿拉布坦去世，在策妄阿拉布坦去世后，他的儿子噶尔丹策继承了大汗之位，这位大汗跟他的叔叔和父亲一样，都不是安分守己的人，清朝与准噶尔汗国又陷入了战火之中，雍正皇帝不得不再次出兵准噶尔汗国，双方交战多次，准噶尔汗国均以失败告终，后来准噶尔汗国与清朝议和，再次划定了界线，双方规定以漠北杭爱山为界，漠北杭爱山以东的疆域归清朝所有，漠北杭爱山以西的疆域准噶尔汗国所有，清朝与准噶尔汗国又再次迎来了和平的局面，这个和平的局面一直持续了十年之久。
