郑成功率领将士击败从东南亚赶来增援的荷兰舰队，并围困台湾城8个月，迫其投降，从荷兰殖民者手中收复了台湾，并设置府县进行管理。1683年，清军在施琅率领下进入台湾，郑成功后代郑克爽归顺清朝，清朝设置台湾府，隶属于福建省。
二、三藩之乱
清初，平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿精忠助清灭明有功，被封镇守云南、广东、福建，三藩势力日益强大，拥兵自重，成尾大不掉之势。
1673年，康熙为加强统治，决定削藩，引起以吴三桂为首的三藩起兵反叛。三藩之乱席卷近大半个中国，叛军很短时间就占据云南、贵州、广西、广东、四川、湖南、福建等省，一时间清朝统治岌岌可危。
