皇太极欣喜若狂，率八旗军与明朝军队作战，消灭了明军主力。崇祯帝六神无主，又想起了关宁铁骑，让祖大寿率军前来北京城勤王。祖大寿却按兵不动。崇祯帝只好让狱中的袁崇焕出马，写信给祖大寿。祖大寿这次再次率军进入关内，在遵永之战中击退了八旗军。
皇太极退兵了，北京城暂时安全了。崇祯帝第一件事就是下令将袁崇焕凌迟处死。
在北京保卫战中，崇祯帝看到了关宁铁骑的惊人战斗力，也看到其不易驾驭的一面，就索性将其解散。一部分还是祖大寿指挥。一部分调入关内，与李自成作战。一部分归吴三桂指挥，镇守山海关。
后来，祖大寿指挥的关宁铁骑在大凌河之战中全军覆没。关内关宁铁骑被李自成逐渐消灭。山海关关宁铁骑则随着吴三桂投降了清军。
