孔融还曾藐视圣人。一次祢衡吹捧孔融是仲尼不死，而孔融便随口回捧你是颜回复生。然而，却被郗虑听到了，他赶紧给曹操作了汇报。而曹操本来就对孔融的不少无理言行怀恨在心，这次又抓住了一个扫除孔融的有利时机，于是他立即授意郗虑以"违反天道，败伦乱礼"的罪名，表奏孔融。
多年来，曹操积满了一肚子的猜疑忌妒，再加上郗虑的相告，于是曹操指使丞相军谋祭酒路粹枉奏孔融以"招合徒众"，"欲图不轨"、"谤讪朝廷"以及"不遵超仪"等罪名，于建安十三年八月二十九日，将孔融处死，株连全家，孔融时年五十六岁。
据《后汉书·卷七十·郑孔荀列传第六十》记载：初，女年七岁，男年九岁，以其幼弱得全，寄它舍。二子方弈棋，融被收而不动。左右曰："父执而不起，何也？"答曰："大人岂见覆巢之下复有完卵乎！"……或言于曹操，遂尽杀之。及收至，谓兄曰："若死者有知，得见父母，岂非至愿！"乃延颈就刑，颜色不变，莫不伤之。
其意思是，在孔融被害时，他的女儿才七岁，儿子九岁，便寄在别人家中。当时，两个孩子在下棋，得知孔融被捕却不为之动。有人便疑惑的问他们为什么？其女儿答说："哪里有巢毁坏了卵不破的呢？"
