在南明不到40年的生命周期中，出现过五六个政权，比如弘光政权、鲁王监国、隆武政权、绍武政权、永历政权等。首先南明没有解决法统问题，明朝留都南京的一些文臣武将决定拥立明室中的藩王，延续明朝，然后挥师北上恢复国土，但具体拥立何人则发生争议。根据"皇明祖训"，有嫡立嫡、无嫡立长，所以拥立谁为南明之主，成为南明到灭亡都没解决的问题。
另外南明文官和武官之间存在斗争，文官打压、轻视武官的现象很严重，内耗严重，如此一来必然影响南明的军事战斗力。这让南明的军事力量的调动效率十分低下，有一次皇帝宴请群臣，文官黄道周和武官郑芝龙就闹起来了，这两个人可都是朝廷的重臣，竟然为了谁坐上座这个问题吵了半天！就此小问题上还争论不休，在国家战略的大事上，能统一思想一致对外吗？
还有明朝没有宰相，朝廷始终没办法决定到底谁才是辅佐皇帝的人，底下的文官自然是一个个争先恐后，都觉得自己才应该是那个辅佐皇帝的人，明朝的党争不断，内斗严重，这是明朝和是南明灭亡的重要原因。
