战争结束后，萧何又在治国方面，一展雄才，汉朝的法律九章律就是由他所制定的。后来韩信、英布的叛乱，也是在他的极力帮助下，得以平息的。后来刘邦去世了，他又一心辅佐新帝，直到去世，后被追封为文终侯，在所有建国功臣里，他的结局最好。
但是他也并非一帆风顺，刘邦称帝后，千方百计除掉异姓，在用了八年左右的时间后，基本上肃清了那些武将。但萧何属于文臣，不是很好动手，于是他一直寻找机会。在刘邦平乱回朝时，萧何上书要开放上林苑，被冠以暗通商贾的罪名，把他送入牢房。
这个事情当时引起朝中所有大臣的纳闷和不满，因为萧何从来都是忠心辅佐，没有过任何的私心，这点所有人都看得明明白白。入狱后，萧何怕连累到其他人，还让自己府上所有的宾客自行散去。其实刘邦也深知萧何的为人，这一次只不过是打压他的锐气罢了，没过多久，就把年事已高的萧何给放了。
