削藩提上日程后，由黄子澄、方孝孺等并开始实施。首先便错了，他们先从最弱的周王朱橚开始，最后周王朱橚不堪，竟然在王府自焚而亡。接下来代王朱桂、湘王朱柏、齐王朱榑、岷王朱楩纷纷被削藩，死的死，囚禁的囚禁。这些都是没有什么实力的，一年时间便处理好了。反而朱棣是最有实力的，在这一年的时间里看到兄弟们都一个一个的倒下，早晚有一天就到我了，于是在这一年的时间里聚集部队，有了准备的时间。所以造反也是死，不造反也是死，还不如搏一搏单车变摩托。于是便拉起清君侧的大旗开始了反叛之路
太宗朱棣画像
1399年8月，燕王朱棣誓师抗命，下谕将士，打着"清君侧"旗号起兵"靖难"。史称"靖难之役"。于是建文帝的朝廷和燕王朱棣之间开始了一场血腥的、持续三年的军事对峙。在叛乱开始的时期，燕王朱棣尚不占兵力上的优势，他的军队只有十万人；还老弱病残都有，战斗力也不是很强，除了他的封地北京之外没有能够控制任何其他领土和城池。而建文帝的南京有一支三倍于燕王军队的常备军队，而且都是太祖朱元璋留下来的精英部队，很多都是跟随太祖打天下的部队，实力非凡。而且还拥有全国的经济，都知道打仗打的是钱，此时的国库充裕，并且已经废除了几个藩国，经济、政治、军事都归中央。
