可是夺取明朝的大顺朝太不争气了。夺取了京都的大顺本应，严肃军纪整理朝纲，休养生息稳定民生，积蓄力量与满清决战。而事实证明，这些农民起义军，更本不懂的怎么治理和管理天下，夺取北京城后的李自成，军纪涣散放纵手下去抢地主、商人、有钱的士人，对平民和农民相对还好些。这使得他管辖的地方混乱不堪，就此统治方式使吴三桂觉得不能长久，加上夺吴三桂最爱陈圆圆之痛，吴三桂改变主张投降满清。
李自成闻讯吴三桂改投满清，急率大顺军赶赴山海关但为时已晚，等大军赶到时，清军以入山海关，与吴三桂、满清构成的联军苦战数日，大顺军大败，后清军一路乘胜追击，因再无关可守，仅仅用了一年光阴，就"敏捷"击溃了李自成的大顺政权。
5月初李自成撤入山西，山西和北京一样，没有一套好的管理体系，也是混乱不堪，留下军队虽多但各自为政，没有人统一负责山西防守，且山西留下了大量的明朝降将，很快明朝降将投降了清军。之后又败走西安，再撤退到湖北，阿济格穷追不舍，后李自成在湖北被村民误杀。满清用了不到一年的时间就占据明朝北部大片土地。在公元1645年后，清军把主要力量对付南明了。
