按照皇明祖训皇长子出生后，就该着手准备册封太子之事，可是万历皇帝对此事却保持着消极态度。因为他不喜欢出身低微的恭妃王氏，顺带着也不喜欢她生的这个皇长子。而众多嫔妃中万历皇帝对郑氏尤为宠爱，后来郑氏生下了皇三子朱常洵，随后郑氏便晋封为皇贵妃，郑氏希望自己的儿子朱常洵能成为太子，并私下和皇帝立誓，万历皇帝则对此事做出了承诺。
万历皇帝在朝会中说出自己的想法后，朝中大臣纷纷猜疑，担心郑氏谋立皇三子，损害国本。当时有两派分别拥护皇长子朱常洛与福王朱常洵（郑贵妃所生）争夺太子之位。朝廷大臣按照明朝册立长子为太子的原则，大多拥戴皇长子朱常洛，向明神宗建议立长子为太子，然而万历皇帝不喜欢宫女所生的朱常洛，反而加倍宠爱郑贵妃，并且执意要立郑贵妃的儿子朱常洵为太子。
因为立太子的事情，万历皇帝开始与群臣长达15年的争论，直到万历二十九年（1601年）十月，皇帝终于拗不过朝中群臣，立皇长子朱常洛为皇太子、三子朱常洵为福王、五子朱常浩为瑞王、六子朱常润为惠王、七子朱常瀛为桂王，此事才算告一段落。这场万历年间最激烈复杂的政治事件，期间共逼退内阁首辅四人（申时行、王家屏、赵志皋、王锡爵），部级官员十余人、涉及中央及地方官员人数达三百多位，其中一百多人被罢官、解职、发配充军。这场国本之争让万历皇帝感到悲痛欲绝，自己虽贵为天子，而最终被群臣所压制，因此对朝政失去兴趣，一气之下就不再上朝了，史称"万历怠政"。
