出土文物清理及保护工作也在同步进行。整理阶段，经过精细、规范化清理和可逆物理固型，使大口尊、圆口方尊、顶尊跪坐人像、顶坛跪坐人像、扭头跪坐人像及金面具、金面罩等一批"重量级"器物实现"站立"并面向公众展出。目前已经清理青铜器77件，玉石器120件，金器44件，象牙678根(段)，象牙雕刻残件46件。
值得一提的是，研究人员对近200个样品进行了碳14测年，测年数据集中在公元前1131年至1012年，出土陶尖底盏、陶高领罐、陶敛口瓮等与金沙遗址兰苑地点同类器物形制近似，可知除了存在打破关系的5号坑和6号坑年代稍晚之外，其余几个"祭祀坑"的埋藏年代一致，为商代晚期，距今约3200年至3000年，解决了过去三十年来关于"祭祀坑"埋藏年代的争议。
玉琮
本次发掘的若干新器物也显示出三星堆遗址与国内其他地区存在的密接文化联系，3号坑、8号坑发现的铜尊、铜罍、铜瓿为中原殷商文化的典型铜器，3号坑、4号坑发现的玉琮来自甘青地区齐家文化，3号坑、7号坑、8号坑发现的有领玉璧、玉璋、玉戈在河南、陕西、山东以及广大的华南地区都有发现。而神树、顶尊跪坐人像以及大量龙形象器物则表明三星堆遗址的使用者在自身认同、礼仪宗教以及对于天地自然的认识与国内其他地区人群相近，无疑确切表明三星堆遗址所属的古蜀文明是中华文明的重要一员。
