建文帝朱允炆的母亲吕太后，被朱棣取消了太后位号，改称皇嫂懿文太子妃，与幼子朱允住在懿文太子陵。1407年，建文帝的四弟朱允因住所失火被烧死。建文帝的二弟和三弟以不能匡正建文帝和心怀怨怼为由被废为庶人，囚禁凤阳，最后暴卒身亡。建文帝的这个三个弟弟意外或者暴毙，这多半就是明成祖朱棣为了消除不必要的麻烦，而下的黑手。
建文帝朱允炆的皇后马皇后下落不明，明朝官方给出的说法是与建文帝朱允炆一起自焚而死。建文帝在位四年，应该还有其他妃嫔，史书虽然没有记载，多半是被遣散回家了吧。建文帝朱允炆还有两个儿子，长子朱文奎，建文元年就被立为太子，靖难之役中与父亲一起失踪，有人说死于宫中大火。
建文帝朱允炆的次子朱文圭，是马皇后所生，在老爸朱允炆失踪的时候，他还是一个不到2岁的婴儿。可能因为他太小，没有什么威胁，朱棣并没有对他下死手，而是囚禁在凤阳，称"建庶人"。在明英宗夺门之变复辟后，"对同样被囚禁的"建庶人"朱文圭产生怜悯之心。
