这引起了很多藩王的不满，藩王与朝廷开始决裂，当时最有实力的是燕王朱棣。朱棣与建文帝的矛盾日益激化。朱棣拒不服从削藩，誓师抗命，并打着"清君侧"旗号起兵"靖难"。当然这场战事的结果大家都知道，燕军渡江直逼南京城下。混战中，南京城内的皇宫起了大火，建文帝自此不知所踪，下落成谜。
靖难之变之后，朱棣成了明成祖，然而建文帝朱允炆却下落不明。那么建文帝留下了后代了吗？史书记载建文帝朱允炆实际上有两个儿子，长子名为朱文奎，次子名为朱文圭。朱文奎出生之后，朱元璋说："日月皆终，大凶之象。"于是朱文奎很不讨朱元璋的喜欢。建文元年时，朱文奎被立为皇太子。建文四年，朱棣叛乱举兵进攻南京之后，建文帝不知去向，而建文帝的儿子朱文奎也一起消失不见，很有可能是建文帝带着朱文奎一起逃跑了。
朱文圭是朱允炆的第二个儿子。当时朱棣实行"清君侧"，率领军队攻破南京时，朱文圭只有两岁，后来明成祖将其长期关在广安宫内。明英宗复辟之后，不忍心再将建庶人（朱文圭）幽禁，于是想要将其释放。明英宗当天就奏明太后，但是明英宗身边的人害怕建庶人出来会有变故，但明英宗表示一切看天命。于是英宗下令让建庶人住在凤阳修建好的房屋里，还给建庶人娶妻生子。
