但是孔融还没有罢休过，在曹操的儿子娶了袁绍的儿媳妇后，孔融说道：武王伐纣，俘获了纣王的美妃妲己，把妲己赐给了自己的兄弟周公。其实这样的事情并没有在真正发生，孔融就是为了拿来嘲讽曹操家风不正，才会如此让儿子娶别人家的儿媳。曹操顿时心里憋着一口气对孔融已经心生不满。
再有次曹操带军打仗立了功，汉献帝要给曹操封地赏赐，孔融见状非常不满，上奏给汉武帝讨论道，凭什么要给曹操如此嘉奖，明明为国效力是应该的，给如此厚重的赏赐岂不是扰乱军心，没赏赐的将士是不是就没有功劳了。汉献帝只能作罢，在这里可以看出孔融的文学力量还是颇有影响的，正是这股文学力量屡次动摇曹操建立起来的威信，曹操不得不对他起了杀心。
在公元208年，曹操开始搜集置他于死地的罪状，其一说他自命清高不遵朝仪，每天上朝都不准时还和孙权的大臣对朝廷议论纷纷；其二指责他有"弑母倾向"，没有孝心。孔融曾把母与子的关系比喻曾瓦罐里的东西，东西拿出来后就没有任何关系了。不孝在当时可是大罪，孔融只有死路一条。
