就在这时，朱元璋却亲自到了洪都城外，既想试探一下朱文正的心思，也想趁机捉拿他，省得他做出谋逆之举。随后，毫无准备的朱文正被朱元璋所擒，并押回了南京城。此时的朱元璋左右为难，如果处死朱文正的话势必会伤了亲人的心，而且已故兄长只有这一子，未免太过无情。但若是轻拿轻放的话，岂不是助长了某些人的心思，于国家稳定没有益处。说道这里可能大家会好奇，朱文正只是有异心却并未行动，朱元璋为什么要急着处置他？
其实，除了谋反一事外，朱文正身上还有很多罪责。首先就是买盐一事，朱文正不但允许部下私下买盐，还与张士诚有暗中交易，这显然违背了朱元璋的命令。其次，朱元璋曾经下令设置按察司，朱文正不但不办事还暗中阻挠，甚至私自扣留了皇帝的圣旨，这可是大不敬之罪。最后，朱文正在镇守南昌的时候做了很多欺男霸女的恶事，甚至还阻止家属高官，其残忍手段令人发指。在朱元璋看来，朱文正的一言一行皆不服管教不仁不孝，如果未能立即处置的话，难保日后不会做出更加过分的事情。但就在此时，朱元璋的皇后却出言劝解，希望朱元璋能够从轻发落。
《国初事迹》中记载："文正止是性刚，恐无此心。"
马皇后是一位非常贤德的皇后，而且还是朱元璋的发妻，二人感情和睦，朱元璋也愿意听从她的意见。在马皇后看来，朱文正只是性格刚烈又受到了不公正待遇，所以才一时走错，完全可以给他改过自新的机会。而且，朱元璋内心非常看重这个侄子，若贸然将其处死，以后肯定会有后悔的时候。在经过深思熟虑后，朱元璋只是夺了朱文正的官职，并且将其发配至桐城安置。只是谁都没想到，朱文正却密谋逃走，这才得了被处死的下场。
