平定云南后,朱元璋封沐英为黔国公,镇守云南。沐英在镇守云南期间,兴修水利,鼓励农民种田,使农业经济得到了发展。沐英还从内地引进了大量商人,开展商业贸易,使百姓的生活水平得到了显著的提高,沐英也因此得到了百姓的爱戴。1382年,沐英的养母马皇后病逝,沐英闻讯后,由于悲痛过度而咳血,就此落下病根。十年后,太子朱标病故,沐英十分伤心,引发久病而亡,终年48岁。朱元璋感其忠诚,追封沐英为黔宁王。
当朱元璋夺得天下后,并且还有了自己的子嗣,沐英也没有任何的争夺皇位的心思,因此他主动要求去边疆镇守,这让朱元璋十分的感动,对他更是信任,赐予了诸多的赏赐让他去了边疆,而他在1392年病逝,被朱元璋封为西平侯,他的子孙则是一直都秉承父亲的遗志镇守云南。