然而黄道周还是心系明朝，明朝灭亡后，黄道周又为南明效力，后南京城破，弘光政权结束，黄道周至死不愿投降清朝，继续为隆武皇帝效力，清朝颁布剃发令时，黄道周返乡筹兵，抗击清兵。
事实上，黄道周与清军无疑于以卵击石，但他为什么还是要这么做？原因是摆在黄道周面前只有两条路，一条是当清朝的百姓，一条还是明朝的百姓，黄道周选了后者，隆武元年（1645年），黄道周被徽州守将张天禄俘获。
清朝皇帝赏识黄道周，有意提拔他，派出投了清朝的洪承畴去劝降黄道周，黄道周则写道："史笔流芳，虽未成功终可法；洪恩浩荡，不能报国反成仇。"
隆武二年三月五日，黄道明被带到了刑场，在行刑前晕了过去，刽子手将他弄醒，嘲笑道：怕了。黄道明从容回答道："饿的。"原来黄道明为明忠已绝食了十多天，刽子手被黄道明所感动，向其跪拜，恭恭敬敬的让黄道明坐着，随后才行刑。
