二是修改李秀成被俘一事。李秀成被俘时随身带有许多珍珠宝物，是被村民认出而将其押送交给湘军。 但曾国藩在原稿上用朱笔将其中7个字勾去，改为"遂被曾帅官兵拿获"，而抄送给朝廷的版本中，又改成"遂被曾帅追兵拿获"；
三是修改李秀成护送幼主洪天贵福突围的时间。原稿中写道: "初更之后，舍死领头冲锋，?由九帅放倒城墙而出，君臣舍命冲出关来。"曾国藩将"初"字改为"四"字，将时间改为"四更"，即从傍晚更改到凌晨；
四是删改"天朝十误"中的第十误。原稿是:"误立政无章。误国误命者因十误之由而起，而?性命无涯。"曾国藩直接用朱笔圈去。改为: "十、误不应专保天京，扯动各处兵马。"按罗尔纲先生的解释，这样一改，至少掩盖了李秀成被捕后曾与曾国藩进行过密议等。
早在曾国荃攻下天京后，清政府也想着希望能得到太平天国的藏宝，用以补充因连年征战而日渐虚空的国库。因此，派出僧格林沁和多隆阿到南京督促。但即便如此安排，不仅太平天国的藏宝查不出个子丑寅卯，就连曾国藩与李秀成密议的具体内容也不知晓。
