虽然满清一直标榜满蒙一家亲，但是乾隆却视漠西蒙古、也就是今日新疆的蒙古人们为眼中钉，实行了野蛮的种族灭绝政策，将准格尔葛尔部几十万男人全部杀死。乾隆等实施的主要有以下几种方法。
1、彻底剿灭，永绝根株
《清高宗实录》和《平定准噶尔方略》有这样几段文字，乾隆谕令前线将领："必应全行剿灭，不得更留余孽"、"此等贼人，断不宜稍示姑息"、"此次进兵非同一般，彻底剿灭，永绝根株"。
在这场精心策划的屠杀中，几十万准噶尔人惨死于清军的屠刀之下，鲜血染红了卫拉特草原，准噶尔人遭到了无情的灭族之灾，"数千里内，遂无一人"。
