由此可见，三藩不论是在财政上，还是在军事上以及官员的任免上都严重威胁到了清朝的统治。"三藩，河务，漕运"成为了康熙亲政之初的三座大山。
公元1667年，康熙6年，吴三桂试探皇帝，假意辞去云、贵两省的职位，谁知康熙来了个顺水推舟，同意了吴三桂的"请求"。吴三贵没想到康熙真的批准了，真的是差点气得吐血。公元1673年，康熙12年，尚可喜又请求撤藩，于是康熙又同意了。随后吴三桂、耿精忠也都表示请求撤藩，康熙认为早撤为好。于是他都批准了。
同年9月，圣旨到了云南，吴三桂气得快哭了，他万万没想到康熙竟然真的撤藩了。同年，吴三桂在云南换上了明朝的服饰，并假惺惺在永历帝的坟前哭了一场，于是举兵反清。
吴三桂和清军六次殊死决战，结果是吴三桂胜多败少，而且吴三桂的兵力是清廷的2倍，无论是质量还是数量上都要优越。叛乱之初可以说占领了大半个中国。但吴三桂先是犹豫不决，妄想与清军和谈，划江而治，给了清朝的缓冲时间，没有一鼓作气直接越过长江，同时与全国各地的反抗势力建立联系，形成合力，给予清朝雷霆一击。之后在中后期吴三桂竟然放弃了反清复明的大旗，自立为帝。一下子把这些跟随他反抗的人心都伤透了，纷纷离去。你就不能立个傀儡做做样子，非得自己这个降清的汉奸当皇帝。
