朱允炆继位之后，重用齐泰、方孝孺、黄子澄等儒生，力主大力削藩，而朱允炆削藩力度之大更是令人侧面，不少藩王都是直接被贬为平民，甚至还有不少被活活逼死。而镇守北方的朱元璋四子朱棣，担心这种责罚降到自己头上，于是联合了一众藩王打着清君侧的旗号叛乱，经过几年的血战，最终成功夺取了政权，这件事被后人称为"靖难之役"。
朱棣率军攻克南京后，皇帝朱允炆生死不明，一说是当天在皇宫内自焚而死，一说是偷偷潜出京城成为一名隐世僧人，那么如果当初朱允炆不逃走而是坐在皇位上，那朱棣敢对他下手吗？答案或许可以从朱棣对建文皇帝旧臣的下场中看出来。
朱允炆最倚仗的三位大臣齐泰、黄子澄都被灭族，方孝孺更是连带学生一起被诛灭十族，而朱允炆的两个儿子，长子在当天就被宣告死于大火，次子当时才两岁，却被朱棣下令囚禁起来，直到57岁时才被放出来，对待建文旧臣尚且如此，朱棣又怎么会不敢对建文皇帝本人痛下杀手呢。
