3，君主与宰相的权力大小不同
元朝设中书省代替前代的三省，三省的首脑担当宰相的职位。在元朝后期，宰相的权力相当大，甚至可以左右皇位的继承。因此造成"堂堂大元，奸佞专权"。清朝皇帝设法加强皇权，康熙帝设南书房，与内阁、议政王大臣会议鼎足而立，削弱了相权；雍正时设军机处，提高了办事效率，并且加强了皇权。清朝是我国君主专制发展到顶峰的时期，君主专制的加强，在一定程度上加强了中央集权，巩固了统一多民族国家的稳定。
4，对内的经济措施不同
元朝前期，忽必烈采取了一些措施来发展封建农业。但到元朝后期，滥发纸币，造成严重的通货膨胀，同时连年天灾发生，出现了"人吃人钞买钞"的景象，因而很快引起人民反抗。清朝在"康乾盛世"期间，开垦了大量的荒地，使农业创收。商品经济进一步发展。实行摊丁入库，基本废除人头税制度，农民的税收压力松弛了，因此能得到农民的拥护。
5，打江山的局势不同
元朝面对的本来就是一个政权分立的局势，它打下的不是一个被农民起义推翻了的政权，它是直接灭亡了南宋。因此它的统治的根基并不稳，打下的广阔疆域内，被征服人民的反抗不断。清朝打败的则是一个发生了农民起义的统一国家的政权，顺从了民意。同时它又能趁虚而入，在农民军腐朽的时候突然进攻，因而在北京牢牢地把握了自己的位置，有了比较稳的根基。虽说此后还有南明王朝以及反清复明的斗争，但都很快消亡，这些因素促使清朝建国良久。
