燕王进京
此时的南京城已经乱作一团，改朝换代的善后又当如何？这一系列的难题摆在朱棣面前。
为了法理的正义，他没有进城，他不急着称帝。而是去了孝陵，向父亲哭诉诸王的悲惨处境。给靖难找一个理由，也为天下人都能看得见，他是迫不得已的。
既然旗号是"清君侧"，那么黄子澄与齐泰这两个首指的"奸臣"自然是最先开刀的人选。黄子澄与齐泰宁死不屈，在朱棣亲自审问后被处以极刑，家族姻亲惨遭连坐，甚至连邻居也没有放过。随后，更是拟了份"奸臣名单"，前后共二十九人在内，个个灭族。一时杀声震天，血染南京。
这其中最为惨烈的当属方孝孺，方孝孺是当时有名的大儒，在当时可谓颇具名望。当日，朱棣谋臣姚广孝曾经乞求朱棣，若进城，独一人绝不可杀，乃当世"读书种子"方孝孺，朱棣应允。
