高拱这个人最大的问题无疑是他的性格，这也是他与张居正，徐阶不一样的地方。高拱当政多年，在朝中也有大量的亲信，可恨他的人要更多一些，这些人也大部分都成为张居正这边的帮手。高拱为人确实有些极端，他自视甚高，性子又非常急躁，自己说话做事很多时候都不给人留余地。他当上首辅之后，不仅开始大肆排斥异己，清理和他关系不好的官员们，他还更加嚣张跋扈，甚至他发火的时候，都没有人敢正视他。高拱的性格也让他得罪了大量官员，从隆庆时期的旧臣，到万历朝这些新宠臣，他们都开始排挤高拱。
比如高拱就一直都看不上冯保，偏偏此人是万历自幼就非常宠信的大伴，冯保也不希望自己的权势就没有了，高拱却一直都很排斥他，多次提出要把他驱逐到外面，没想到，冯保也非常精明，他还得到了张居正等人的保护，这也让他能继续留在万历的身边。万历毕竟是一个小孩子，身边肯定需要有这些太监的帮助，因此高拱坚决排挤他，也使得内廷很多人对于他都非常不满。冯保因为这件事，也是坚决和他对立，与张居正成为政治同盟。更糟糕的是，高拱在隆庆帝死的时候，他就觉得万历这样的小孩子怎么能治理好天下呢？这话他还真就说出来了，还真就被李太后听到了。
当然，此话也是经过冯保的一些加工，高拱再傻，也不可能说得这么直白。可李太后又不知道是真实的情况，她刚刚成为太后，自己孤儿寡母是非常担心底下大臣不把她们放在眼里，那样她们要想维持自己的统治，就变得非常困难了。李太后肯定希望有一个能帮助她们母子的臣子，高拱说出这样的话，在太后的心里就已经不会是合适的人选了。高拱这个人锋芒毕露，过于自傲，言行都太过嚣张，这在官场上是大忌。尤其是像他这样的内阁首辅，盯着他位置的人会非常多，他这样的性格，会把自己的缺陷暴露得淋漓尽致，政敌想要打击他实在太容易了。
