袁崇焕在明朝已经被盖棺论定，他的罪名也是经过八个月的审判，最后才被处死，并没有冤枉他。到了清朝，乾隆皇帝一句"平反"，一帮子文人、史官们就忙活起来，为袁崇焕的死辩解，把其封为民族英雄，这才出现了争论。
崇祯皇帝启用袁崇焕为辽东统帅，因为他之前在宁远的时候，两次击败努尔哈赤、皇太极的后金军队，所以皇帝很信任他。他在大殿上提出'五年复辽'的目标，私下里却对大臣说他这只是安慰安慰皇帝，等到他到了辽东，第一步就杀了毛文龙。
天启皇帝、崇祯皇帝都是非常信任毛文龙的，还给了他尚方宝剑，说明毛文龙的战略地位是很重要的，后金占领的辽东地区，只有毛文龙一人深入敌后，建立了根据地，说明了他是有本事的。努尔哈赤、皇太极多次试图消灭毛文龙，都没有成功。毛文龙部队的军饷除了朝廷的供应，他也靠做贸易解决。宁远的粮饷全部靠朝廷，不给就发生兵变，总兵朱梅被捆绑，巡抚毕自肃被逼自杀。
计六奇《明季北略》："崇焕捏十二罪，矫制杀文龙，与秦桧以十二金牌矫诏杀武穆古今一辙。"
