在玄武门之变之前，秦琼的旁边的地位都是非常的高的，手里握着重兵。秦琼咳嗽半天，太医给秦琼带来良药让秦琼之子秦怀道去煎煮，等太医刚走，秦琼立即对儿子说：快把药倒掉！秦琼并不是担心李世民会害他，而是自己根本没病。贞观12年，秦琼真病了，并且很快病逝。
秦琼作为大唐有名的战将，更是位列二十四凌烟阁之一。但是他的功绩大多数都是在李渊的时代，等到李世民的时代后，就开始装病，可以说，在李世民杀死了单雄信的时候，秦琼的心就开始变冷了。对政治争斗有了排斥了厌恶。在经历过玄武门之变后，尽管当时箭在弦上，不得不发--再怎样变化倾轧，当天下太平后，秦琼开始退居二线。
