在朱棣称帝以后，忙于北征蒙古或北行北京，皇太子朱高炽留守南京，代为行使监国事宜，相关资料显示，前后达六次之多。永乐七年（1409年）以后，朱棣因为北征蒙古、营建北京等事，长期不在南京，就把朝中政务处理等事宜委托给了朱高炽，开启了二人的第一次长期合作。这个时期，应该说是朱棣掌握着整个帝国的军政大权决策，太子朱高炽负责朝中日常行政工作，两个人的主次分工明确，明史记载"东宫监国,朝无废事"。
朱棣原有四个儿子，长子朱高炽，次子朱高煦，三子朱高燧，其中四子幼亡。长大成年的三个儿子各有特点，长子朱高炽，身材肥胖，不会骑射，为人内向凝重；次子朱高煦雄武剽悍，身材高大，巧舌如簧；和朱高煦的咄咄逼人相比，老三朱高燧则相对要低调一些。
这里面不能不单独说一下老二朱高煦，这是个活跃分子。据记载其"言动轻佻"，很不讨祖父朱元璋的喜欢，不过他虽然生性顽劣，但在靖难之役中跟随朱棣出生入死，在白沟河、东昌、浦子口等战中多次救朱棣于险境，特殊时期的表现也让朱棣对这个儿子产生了一种信任和寄托，看上去老二朱高煦颇有些许自己当年的风采。据《明史》记载："初，帝起兵时，汉王数力战有功。帝许以事成立为太子。"而且，朱高煦本人也对自己的雄武比较自负。在后来北征过程中，也是留任朱高炽监国，带着二子一同北征。
长子朱高炽虽然没有老二那么爱抛头露面，但是做事稳重且为长子，深受祖父朱元璋的赞许，在洪武二十八年（1395年）被朱棣册封为世子，即是燕王藩位的合法继承人。不过朱棣称帝后，在册立太子过程中，也发生过一点小插曲，让人浮想连篇。按照惯例，新皇帝登基之后，要册立太子，但朱棣称帝之后，两年内却迟迟没有动静，解缙、金忠等大臣多次上表此事，表明"皇长子仁孝，天下归心"，而且朱高炽的长子朱瞻基是"好圣孙"，皇位后继有人。这倒是实话，朱棣也极为喜爱朱高炽的长子朱瞻基。可在立朱高炽为太子这事上，朱棣却是总以各种理由搪塞。有学界研究观点认为，朱棣此时也在犹豫不决，在权衡太子册立人选中飘忽不定。直到永乐二年（1404年）四月，朱棣才下定决心正式册立朱高炽为太子，朱高煦为汉王，朱高燧为赵王。可见在夺取了侄子朱允炆的皇位后，朱棣也很清楚皇位正统的重要性，如果再否了长子朱高炽，不仅违背了祖制，自己的威望地位也会受到影响。
