清代是封建专制皇权最集中的一个时期，皇帝拥有至高无上的权威，所谓的军机大臣虽为当朝重臣，甚至被冠以宰相，实则奴才而已。他们所能做的，也仅仅是忠实地执行皇帝的决策，充其量不过是秘书的角色。但从另外一个角度来说，军机大臣和皇帝之间还有一层微妙的关系。
清代皇帝勤于政务，但也非事事都能拿主意，更多的时候他们还是会征求军机大臣们的意见。换句话说，皇帝可以限制大臣，同样大臣也可以限制皇帝的自主行动。以军机大臣来说，主要和皇帝有三个方面的交集。
其一，对于外省奏折的决策
康熙、雍正时期，奏折制度是一种丰正式的、皇帝与地方大员间的私人通信渠道。雍正即位后，扩大了这一制度，使用它搭建与心腹官员的联系桥梁，循循善诱，吐露心声。雍正帝对奏折如何在京处理尤其重视，对于抄录和存档，不厌其烦地指示军机处，可谓细微入至。这中间军机大臣就发挥了重要的作用。
