很多人以为，神机营没有实战经验。其实并不是。神机营建立没多久，就被打出去打了一仗。
1861年秋天，一群马贼进犯喜峰口。虽然马贼人数较少，可清廷害怕马贼惊扰东陵，便派文祥率领神机营前往东陵守护，同时督促各军进剿马贼。文祥"约东三盟蒙古王公由北路夹击，破贼于锦州东井子"，打了一场漂亮的围歼战，抓获和斩杀马贼共3000余人。
在那以后，神机营就再也没有出战的机会了。神机营的人数倒是越来越多，管理神机营的人也换成了醇亲王奕儇。1865年，奉上谕："醇郡王奕儇等训练神机营兵三万余人，操演渐著成效，绿营亦就整肃。令仍隶醇郡王节制，督操阅兵大臣，一并阅看。"
晚清时期，不管是八旗、绿营，还是湘军、淮军，都不同程度地存在"吃空饷"现象。这就意味着，军队的实际人数要低于编制人数。只有神机营是一个例外。由于神机营官兵待遇好、俸禄高、上升空间大、一般不会打仗，凡是手里有点职权的王公贵族，都争先恐后把后代送到神机营来。他们来了并不是当兵，多少得安排一官半职吧？于是，神机营不但人满为患，还出现了职官多于兵丁的怪现象。
