忽必烈于１２５９年八月到达黄陂时，得到了蒙哥死于军中的消息。但他不愿无功而返，仍率部强渡长江，进围鄂州。忽必烈的进攻势头引起南宋朝廷的震动，那个玩蟋蟀出名，靠姐姐是宋理宗的贵妃才当了宰相的贾似道，只好奉命前来应战。
十一月，忽必烈接到妻子的密报，他的弟弟阿里不哥正调兵遣将，准备继承汗位。这时，那个贪生怕死、贪权误国的贾似道却偷偷派人来向忽必烈求和，答应南宋向蒙古称臣，以长江为分界，把长江北面的土地全割让给蒙古，另外每年进贡银帛各二十万。
忽必烈顺势答应，并迅速从鄂州撤兵。１２０６年４月，他在开平府（今内蒙古正蓝旗及多伦一带）即大汗位，年号"中统"。同时，忽必烈的弟弟阿里不哥在北边即大汗位，占据了漠北，也在积极活动，两者互不相让。经过四年激战，忽必烈终于打败了阿里不哥，从而统一了内部。
然后，忽必烈大举南下。在攻打南宋时，他听从汉人官员姚枢、刘秉忠的劝告，严禁屠杀无辜百姓，他说："贤明的君王出征，目的是在征服敌人，而不是屠杀老百姓。滥杀无辜只会伤了国家的元气！"
